藻种库建设初期，结合中国科学院水生生物研究所原藻类学研究室所从事的研究课题，广泛而系统地开展藻种采集、分离和纯化培养，为藻类学研究和应用提供了可靠的藻种来源。 随着藻类基础和应用研究以及产业化在我国的广泛开展，藻种库保藏的数量不断增长，业务范围也由内及外。平均每年为国内外科研、教学、环保及其它部门提供近数百株藻种。如今，它已发展成为我国淡水藻种保藏、提供和交换的主要机构。

    藻种库在开展藻种保藏和分发等日常业务工作的基础上，十分重视开展藻种保藏、资源利用以及与环境相关的基础和和应用研究。在国内较深入地开展了蓝藻水华的分布、种类组成、发生和产毒特性上研究，为我国水体保护提供了极为重要的基础积累；开展了经济藻类资源分布和利用的研究。目前保存有蓝、绿、硅、红、裸、甲、隐和金等九门藻类，计100多属，800余株共3000余支淡水藻种及少量咸水和海水藻种。现有库主任1名，技术人员2名，兼职科研人员1名。与国际知名的美国德克萨斯大学藻种库和日本国立环境研究所藻种库长期保持藻种交换关系